Safra kesesi taşları, genellikle belirti vermeden kalabilir ancak bazı istenmeyen olumsuz sonuçlara da neden olabilir. Safra kesesi taşları, ağrı gibi şikâyetlerle beraber çeşitli komplikasyonlara neden olabilir:

Safra yolu yaralanmaları bazen safra yolunu tıkayıcı veya daraltıcı özellikte olabilir. Bu durumlarda darlık veya tıkanma gelişirken, bazen de yaralanmanın kendi kendine iyileşme döneminde veya uygun olmayan onarımların iyileşme dönemlerinde darlıklar gelişebilir. Safra yolu yaralanmalarına genelde anatomik farklılıklar ve teknik hatalar sebep olmaktadır.

Safra yolundaki yaralanma sonucu safra karın içine akar, bu da şiddetli karın ağrısı ve genel durum bozukluğuna yol açar. Bu durumda acil tedavi gerekir. Safra yolunda daralma ya da tam tıkanma sonucu safra bağırsaklara rahatça akamaz ve hastada sarılık, kaşıntı, tekrarlayan safra yolu iltihabı atakları meydana gelir.

Safra yollarının iç yüzeyini oluşturan dokudan kaynaklanan kanserlere safra yolu kanseri adı verilir. Eğer bu tümörler karaciğer dokusu içindeyse bir kitle şeklinde ortaya çıkar. Safra yolunun son bölümü pankreas içinden geçer; bu tümörler ya uç noktada bir darlık ya da pankreas başında kitle halinde olurlar.

Karaciğerin sağ ve sol kısmından gelen safra kanallarının birleşip, karaciğer dokusu dışında çatal olarak bir araya geldiği kavşak noktasına konfluens denilir. Bu noktadan kaynaklanan tümörlere Klatskin tümörü denir. Safra yolu kanserleri en sık bu bölgede oluşur. Karaciğer içindeki safra yolu kanserlerinde kitlenin çıkarılacağı, genellikle de geniş karaciğer rezeksiyonları uygulanır. Safra yolunun son bölümünde meydana gelen kanserler de pankreas başı kanseri gibi ele alınır ve bunlara Whipple ameliyatı uygulanır.

Ana safra kanalları veya karaciğer içindeki safra kanallarının genişlemeleriyle oluşan bir hastalıktır. Bu kistlere koledok kisti de denir. Asıl nedeni bilinmeyen safra yolu kistlerinin hem doğumsal hem de edinsel olabileceğini gösteren bazı bulgular vardır. Safra yolu kistlerinin değişik türleri vardır. Bu türler arasında ana safra kanalını tutan genişleme en sık görülenidir.

Safra yolu kistleri, safra yolu iltihabı, safra yolu tıkanıklığı, ateş, karaciğer apsesi gibi belirtiler vererek ortaya çıkar. Safra yolu kistlerinin en sık görülen türünde kanserleşme riski vardır; bu nedenle kistin tamamının çıkarılması önemlidir. Karaciğerin içinde yer alan safra kistlerinde, karaciğerin hastalıklı bölümünün çıkarılması da tedaviyi sağlar.